Il MAN apre al pubblico nel 1999 all’interno di un edificio degli anni Venti, già sede dell’Istituzione provinciale, situato tra le arterie del centro storico di Nuoro. Fino al 2003 è inserito come ufficio all’interno del settore cultura dell’amministrazione provinciale. Il primo nucleo della collezione nasce dall’accorpamento di alcune raccolte pubbliche (Provincia, Comune, Ente provinciale per il turismo, Camera di commercio). L’idea di una pinacoteca provinciale trova presto sviluppo in un progetto museale aggiornato in cui al lavoro di ricerca e conservazione si affianca un’intensa attività espositiva e laboratoriale. La collezione si arricchisce di nuove acquisizioni e l’attività si estende al contesto territoriale. Nel 2004 il museo acquisisce autonomia gestionale, strutturandosi come Istituzione senza personalità giuridica, ed entra a fare parte di Amaci, l’Associazione nazionale dei musei d’arte contemporanea. Nel 2013 il MAN ottiene il riconoscimento regionale come museo d’eccellenza. Il piano di riordino e sviluppo prevede l’apertura di un nuovo complesso espositivo, nato dal recupero di due edifici storici situati in piazza Sebastiano Satta, e la destinazione della sede attuale a dimora della collezione permanente.